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Ensemble, faisons avancer la recherche scientifique !

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Modérateur: Modérateurs

Ensemble, faisons avancer la recherche scientifique !

Messagede Lorhkan » 01 Jan 2008, 12:48

Chers amis forumeurs, vous voulez faire une bonne action ? Vous avez un ordinateur (logique si vous êtes ici) ? Alors vous pouvez faire avancer la recherche scientifique ! Comment ? C'est très simple.

Petite explication.
La recherche scientifique nécessite bien souvent de réaliser d'énormes masses de calculs. Pour cela, deux solutions : les supercalculateurs (complexes, et très chers, parfois au delà du budget alloué), ou bien le calcul distribué. C'est ce dernier qui nous intéresse.

Le calcul distribué, kézaco ?
L'idée est de séparer une masse colossale de calcul en plusieurs morceaux moins importants (les Work Units) qui seront téléchargés par les internautes. Les ordinateurs de ces derniers exécuteront les calculs lorsqu'ils ne sont pas utilisés (donc sans gène pour l'utilisateur). Une fois le calcul effectué, le résultat est uploadé, pour la machine passe à un nouveau calcul, etc...

Quel est le but ?
Tout simplement d'aider la science, bénévolement, dans de grands projets comme le lutte contre le SIDA, la lutte contre les maladies génétiques, les prévisions climatiques à grande échelle, etc... Les scientifiques en charge de ces projets publient régulièrement leur résultats, preuves tangibles de l'intérêt du calcul distribué.

Comment ça marche ?
Comme expliqué plus haut, une fois le logiciel adéquat installé, c'est l'ordinateur qui se charge de tout, et qui effectue les calculs sans gêner l'utilisateur (les calculs s'arrêtent si l'utilisateur a besoin de ressources, et reprennent dès que les ressources sont libérées).
Sachant que la puissance de nos processeurs est dans la grande majorité très loin d'être utilisé à 100%, je vous laisse imaginer le gain pour la communauté scientifique.

Mais ça va user mon ordi tout ça !
Rassurez-vous, un ordinateur ne souffre pas d'être utilisé en permanence, il a même été conçu pour ça. C'est plutôt l'éteindre et le rallumer fréquemment qui a tendance à l'abîmer. S'il y a des gestionnaires de réseaux d'entreprise parmi nous, ils pourront confirmer que le risque de panne est moins important avec un ordinateur allumé en permanence. C'est écologiquement que le choix est plus délicat. A vous de voir si les calculs scientifiques doivent nécessiter de laisser nos machines allumées en permanence (et de consomme r plus d'électricité)... Personnellement j'estime quand même qu'on devrait d'abord éteindre certaines devantures de vitrines la nuit, ou certains éclairages publics gros consommateurs d'énergie avant de venir nous demander d'éteindre nos ordis mais bon...

Ok, je suis partant, mais comment faire pour rejoindre l'équipe Xbox-Mag ?
D'abord vous téléchargez Boinc ici : http://boinc.berkeley.edu/download.php
Boinc est le logiciel (multi plateforme : Windows, Mac et Linux) qui "gère" le rattachement à un ou plusieurs projet(s) scientifique(s).

Vous l'installez (tuto ICI, pour Windows. Pour Mac c'est pareil).
Vous faites comme dans le tuto, sauf au moment de la finalisation du compte et la création de votre pseudo.
Votre doit être de la forme : [AF>Xbox-Mag] pseudo
Respectez bien l'orthographe et n'oubliez pas l'espace entre "]" et votre pseudo.

Pour ce qui est des équipes, l'équipe de Xbox-Mag a été créée au sein de l'Alliance Francophone, pour des raisons de simplicité, et parce que l'équipe Xbox-Mag n'est pas destinée à devenir une grosse équipe. Sachez que l'Alliance Francophone (qui regroupe tout un tas de "mini-teams" comme celle de Xbox-Mag) est actuellement au troisième rang mondial en ce qui concerne la somme de calculs. Pour ce qui est des statistiques, voir plus bas.

Le tuto prend pour exemple l'inscription à Seti@home. Vous pouvez vous inscrire à n'importe quel programme (soit il apparaît dans la liste déroulante de Boinc, soit vous lui entrez son URL dans Boinc, voir plus bas pour les projets) tant que votre pseudo garde toujours la même forme (pour que les statistiques de l'équipe Xbox-Mag soient bien comptabilisés), et devra rester le même sur tous les projets.
Evitez tout de même de vous inscrire à trop de programmes, vous perdrez plus de temps qu'autre chose (3 ou 4 pour un seul ordinateur est une bonne moyenne).

Quels sont les projets disponibles ?
Il y en a beaucoup... En voici quelques uns parmi les plus importants.

Domaine médical
Malaria Control : modélise la façon dont le paludisme se propage en Afrique et l'impact potentiel de nouveaux médicaments et vaccins antipaludiques.

Rosetta : travaille également sur le repliement des protéines d'ADN pour lutter contre les maladies génétiques.
Note de Tobino : pour le projet Rosetta@home il s'agit de prévoir le repli des protéines. Au début une protéines c'est plan et au fur et à mesure de leur maturation elles se replies et deviennent tridimensionnelles. Sauf que si y'a un mauvais repli ça peut ne pas être bon du tout.
Les segments hydrophobes des protéines peuvent se retrouver en bordure de la protéine, elles peuvent alors former des agrégats, ce qui est la cause de Parkinson par exemple et de pleins d'autres chaperonopathies.

Simap : met à jour de façon permanente l'énorme base de donnée des protéines connues et publiques.

World Community Grid (pour le projet FightAids@Home) : lutte contre le fléau du SIDA.

Domaine de la recherche sur le climat de la planète
Climate Prediction : modélisation du climat de la planète pour prédire son évolution (notamment en fonction de la pollution).

BBC Climate Change : Idem que le précédent avec quelques variables supplémentaires. En collaboration avec la BBC anglaise.

Seasonal Attribution Project : Idem que les précedents, avec quelques variables supplémentaires et en collaboration avec le WWF.

Domaine de la physique
LHC : aide à la construction du plus grand accélérateur de particules au monde (projet européen par le CERN).

ufluids : aide à la conception de satellites dans le domaine des micro-fluides.

Burp : rendu d'animations 3D réalisées sous Blender (1024 Mo de RAM conseillés).

Xtremlab : projet du Laboratoire de Recherche en Informatique de l'Universite de Paris-Sud à Orsay pour comprendre l'ordonancement des grilles de calcul.

QMC : travaux sur la mécanique quantique.

Leiden : travaux sur la mécanique classique.

Domaine mathématique
Sztaki : trouver tous les systèmes de numération binaire généralisés jusqu'à la 11ème dimension. Projet qui permettrait de valider ou d'approndir la théorie des cordes.

ABC : Trouver tous les triplets abc jusqu'à 1015.

Yoyo : Déterminer la façon optimale de placer 25 marques selon la règle de Golomb (adaptation à Boinc de la recherche OGR-25 du projet Distributed.net).

Domaine de l'astronomie
Einstein : recherche de pulsars dans l'univers.

Seti : recherche de fréquences dans l'univers : anomalies dans l'espace générant du bruit (pulsars...) ou civilisations extra-terrestres.

Cosmology : Etude du fond diffus cosmologique et modélisation de l'Univers des tout premiers instants après le Big Bang jusqu'à nos jours.

Milky Way : Modéliser et caractériser l'évolution de notre Galaxie, la Voie Lactée.

Il y en a beaucoup d'autres. Vérifiez tout de même que le projet qui vous intéresse est compatible avec votre ordinateur. Boinc a beau être multiplateforme, certains projets ne sont pas compatibles avec tous les OS (Windows étant évidemment le mieux pourvu).
De même, certains projets sont en phase de beta (voire même alpha) test, soyez donc indulgent si certains calculs ont du mal à démarrer (les autres projets auxquels vous êtes inscrits prendront de toutes façons le relais automatiquement). C'est le cas pour Milky Way pour ma part qui est parfois un peu capricieux. Rosetta, Einstein ou Seti tournent en revanche parfaitement bien.
Certains calculs prennent beaucoup de temps (plusieurs heures, voire plusieurs jours), d'autre moins, c'est tout à fait normal (toujours à titre d'exemple, MilkyWay est composé de nombreux petits calculs de 5 minutes chacun, tandis qu'Einstein demande des calculs de 15 heures ou plus, ce qui avec la rotation des programmes fait qu'un calcul d'Einstein met plusieurs jours pour se terminer).

Et les statistiques alors ?
C'est l'aspect "amusant" de Boinc : chaque internaute se voit créditer d'un certain nombre de crédits (!!) lorsque qu'un calcul est terminé. A ce propos, petit détail d'importance : lorsque qu'un calcul est terminé, vous le verrez dans l'état "Prêt à valider" (dans l'onglet "taches"). Il faut alors cliquer sur le projet (onglet "projets"), puis dans la partie à gauche sur "Mettre à jour" pour que les données soient envoyées. Il est apparemment possible de mettre le processus en automatique en indiquant dans les préférences que les ressources réseau sont "toujours disponibles", mais je n'ai pas testé...
Les crédits de chaque membre d'une équipe sont additionnés, et le classement de chaque équipe est ainsi régulièrement mis à jour sur le site de l'Alliance Francophone. Vous pouvez y consulter des statistiques détaillées : statistiques de chaque membre, répartition des crédits par projets, etc...
Quant aux statistiques mondiales, elles se trouvent ICI.
Attention, sur certains projets, les crédits sont un peu longs à être accordés aux internautes (processus de validation), cela peut prendre plusieurs heures, voire plusieurs jours.
L'équipe Xbox-Mag vient juste d'être créée (je suis le seul membre :mrgreen: ), elle n'apparaît donc pas encore dans les statistiques.
Je ferai ici même des comptes rendus réguliers de l'évolution de l'équipe d'Xbox-Mag (membres, statistiques, etc...).

Quelques liens utiles
Le portail de l'Alliance Francophone
Le forum de l'Alliance Francophone (pleins d'infos, d'aide et d'astuces)
Les statistiques mondiales de Boinc et des différents projets
Le site de référencement de la puissance de calcul de l'Alliance Francophone
Liste plus complète des projets disponibles
Les statistiques de l'Alliance Francophone (MyBoinc)
Les statistiques de la mini-team Xbox-Mag (MyBoinc)
Un autre site de statistiques (SetiBZH)
Encore un autre site (BoincStats)
Et encore un autre ! (AllProjetcStats)

J'attire votre attention sur le fait que malgré la longueur de ce post, l'utilisation de Boinc est ultra simple : une fois le logiciel installé et un (ou plusieurs) projet(s) sélectionné(s), vous n'avez pratiquement plus rien d'autre à faire. C'est TOTALEMENT transparent pour l'utilisateur. Vous faites donc une bonne action sur la longueur, et ça ne vous prendra qu'un petit quart d'heure pour tout installer. Alors n'hésitez pas, c'est pour la bonne cause.

Liste des membres visibles dans les stats
Lorhkan : [AF>Xbox-Mag] Lorhkan
Yoshimura: [AF>Xbox-Mag] Yoshimura
Gregzz : [AF>Xbox-Mag] Gregzz
Tobino: [AF>Xbox-Mag] Math
Artefact : [AF>Xbox-Mag] Artefact
Dark_Bisounours: [AF>Xbox-Mag] Dark Bisounours
BiFiBi : [AF>Xbox-Mag] BiFiBi
Lancelot : [AF>Xbox-Mag] lancelot
-Link- : [AF>Xbox-Mag] Link
Nerevarine : [AF>Xbox-Mag] Nerevarine
Panda : [AF>Xbox-Mag] Panda
forunner : [AF>Xbox-Mag] forunner
YuFr : [AF>Xbox-Mag] YuFr
Nyriu : [AF>Xbox-Mag] NyriuFr
Doom2Darkness : [AF>Xbox-Mag] Doom2Darkness
Vampire1976 : [AF>Xbox-Mag] Vampire1976
Krabardaf : [AF>Xbox-Mag] Krabardaf
Jyteck : [AF>Xbox-Mag] Jyteck
le polak : [AF>Xbox-Mag] LE POLAK
Skold : [AF>Xbox-Mag] Skold
Acid Burn : [AF>Xbox-Mag] Acid Burn

Liste des membres en attente d'apparition dans les stats
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Messagede Yoshimura » 01 Jan 2008, 12:56

Voilà je viens de faire ma première BA de l'année 2008
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Messagede Lorhkan » 01 Jan 2008, 12:59

Merci Yoshimura !

J'ai oublié une petite précision : si vous vous inscrivez, donnez ici même votre pseudo utilisé sous Boinc, histoire d'avoir une trace des membres sur ce topic (surtout si votre pseudo XM n'est pas le même sous Boinc). Je vais faire un listing des membres, et on pourra les retrouver plus facilement dans la longue liste des statistiques.

Un truc du genre :
Lorhkan : [AF>Xbox-Mag] Lorhkan

Merci ! ;)
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Messagede Link » 01 Jan 2008, 13:08

Hum par contre il faut laisser son ordi allumer 24h sur 24, sa sa va pas etre possible, je n'ai que 16 ans et l'ordi est principalement a mon père qui ne le laisse jamais allumer la nuit donc sa va etre chaud :?

Si c'est par contre suffisant qu'il soit allumer "seulement" la journée alors je suis partant :)
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Messagede Yoshimura » 01 Jan 2008, 13:11

Yoshimura: [AF>Xbox-Mag] Yoshimura

Projets: Seti, Einstein et Rosetta
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Messagede Gregzz » 01 Jan 2008, 13:29

Gregzz : [AF>Xbox-Mag] Gregzz


Le truc c'est que après il me demande de rejoindre une équipe, je fais quoi ? sachant que je ne trouve pas xbox-mag

Et la bande passante dans tout ça ? Parce que bon moi généralement j'allume le pc pis après je vais sur ma 360 sur le live
Dernière édition par Gregzz le 01 Jan 2008, 13:32, édité 1 fois.
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Messagede Yoshimura » 01 Jan 2008, 13:31

Moi j'ai pas rejoins d'équipe j'ai juste crée le pseudo le pseudo sous la forme [AF>Xbox-Mag] pseudo.

Par contre va falloir que je trouve les réglages adéquates car ça me fait tourner les ventilos en permanence :|
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Messagede Gregzz » 01 Jan 2008, 13:39

http://www.myboinc.com/scores/mt_t_XBOX-MAG.php



Je me vois pas dedans :-/


Pourtant j'en suis déja à 5% dans malaria control
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Messagede Yoshimura » 01 Jan 2008, 13:40

Moi je te vois
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Messagede Tobino » 01 Jan 2008, 13:41

Tobino: [AF>Xbox-Mag] Math

Projet: Rosetta, World Community Grid, Einstein

Par contre j'ai pas l'impression que les programmes tournent en même temps... J'trouve tout ça assez lourd en fait.
Dernière édition par Tobino le 01 Jan 2008, 14:22, édité 1 fois.
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Messagede Lorhkan » 01 Jan 2008, 14:05

-Link- a écrit:Hum par contre il faut laisser son ordi allumer 24h sur 24, sa sa va pas etre possible, je n'ai que 16 ans et l'ordi est principalement a mon père qui ne le laisse jamais allumer la nuit donc sa va etre chaud :?

Si c'est par contre suffisant qu'il soit allumer "seulement" la journée alors je suis partant :)

Pas de problème, ça marche aussi ! ;)

Gregzz a écrit:Gregzz : [AF>Xbox-Mag] Gregzz


Le truc c'est que après il me demande de rejoindre une équipe, je fais quoi ? sachant que je ne trouve pas xbox-mag

Et la bande passante dans tout ça ? Parce que bon moi généralement j'allume le pc pis après je vais sur ma 360 sur le live

En effet, un truc qui n'est pas (ou mal) précisé dans le tuto, c'est qu'il faut bel et bien rejoindre une équipe, celle de l'Alliance Francophone, c'est très important. Si vous avez rejoint l'Alliance Francophone, et que votre pseudo respecte la norme décrite au dessus, alors pas de souci.
Mais il faut absolument rejoindre l'Alliance Francophone, sans quoi, vous ne ferez partie d'aucune équipe...

Pour rejoindre l'Alliance Francophone, plusieurs solutions. Soit vous la cherchez lorsque Boinc vous le demande en rejoignant un projet.

Si vous la rejoignez après. C'est à dire que dans la vue détaillée de Boinc, vous sélectionnez un projet, vous cliquez dans la aprtie de gauche sur "Mon Compte", vous arrivez alors sur une page web (votre profil sur le projet). Vous cliquez sur "Find a team" ou "Join a team", et vous cherchez "l'Alliance Francophone". ;)

Vous pouvez aussi allez sur la page web du projet, cliquez sur "My Account", vous vous identifiez si ce n'est pas fait (avec l'adresse mail et le mot de passe que Boinc vous a demandé en rejoignant le projet) puis sur "Join a team".

Edit : Suivez bien le tuto, c'est indiqué. ;)

Concernant la bande passante, les calculs sont très légers à downloader et à uploader, donc la bande passante occupée par Boinc est très faible. ;)

Yoshimura a écrit:Moi j'ai pas rejoins d'équipe j'ai juste crée le pseudo le pseudo sous la forme [AF>Xbox-Mag] pseudo.

Par contre va falloir que je trouve les réglages adéquates car ça me fait tourner les ventilos en permanence :|

Là encore, il faut absolument rejoindre l'Alliance Francophone.
Par contre, sur un portable, il est possible que cela déclenche les ventilos fréquemment. Mais il y a un moyen, dans les préférences, de régler la charge processeur. Elle est par défaut à 100%, il faut donc l'abaisser.

Gregzz a écrit:http://www.myboinc.com/scores/mt_t_XBOX-MAG.php



Je me vois pas dedans :-/


Pourtant j'en suis déja à 5% dans malaria control

C'est normal, tu n'apparaitras qu'un peu plus tard, a priori quand un calcul sera terminé. ;)

Tobino a écrit:Tobino: [AF>Xbox-Mag] Math

Projet: Rosetta, FightAIDS@Home (sida), Help Conquer Cancer, Human Proteome Folding 2, Einstein

Par contre j'ai pas l'impression que les programmes tournent en même temps... J'trouve tout ça assez lourd en fait.

Chez moi, par défaut, il n'y a que 2 projets qui tournent en même temps. Ca devrait être la même chose chez toi, puisque tu as un Mac comme moi...
Et chez moi ce n'est pas lourd du tout... L'interface n'est pas très belle par contre, je te l'accorde...
Dernière édition par Lorhkan le 01 Jan 2008, 15:42, édité 1 fois.
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Messagede Tobino » 01 Jan 2008, 14:16

Ouais, y'a que deux calculs qui se font, les autres sont à la queue. En fait c'est normal :D
Plus qu'à attendre la mise à jour sur le site pour voir si ça a bien marché :)
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Messagede Yoshimura » 01 Jan 2008, 14:41

Ok Lorhkan c'est bon j'ai rejoins l'alliance Franco merci pour la manip
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Messagede Lorhkan » 01 Jan 2008, 14:48

Petit détail d'importance : lorsque qu'un calcul est terminé, vous le verrez dans l'état "Prêt à valider" (dans l'onglet "taches").
Il faut alors cliquer sur le projet (onglet "projets"), puis dans la partie à gauche sur "Mettre à jour" pour que les données soient envoyées. Il est apparemment possible de mettre le processus en automatique en indiquant dans les préférences que les ressources réseau sont "toujours disponibles", mais je n'ai pas testé...

J'ai rajouté cette partie au premier post. ;)
Dernière édition par Lorhkan le 01 Jan 2008, 15:44, édité 1 fois.
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Messagede Gregzz » 01 Jan 2008, 15:20

Ca y'est je suis dans la team. Merci lorhkan
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Messagede Mr Duck » 01 Jan 2008, 15:52

[AF>Xbox-Mag] Artefact :wink:
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Messagede Dark_Bisounours » 01 Jan 2008, 17:12

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Messagede Mr Duck » 01 Jan 2008, 17:24

Je comprend pas trops, sur le site de l' AF je ne me vois pas dans les nouveaux membres contrairement aux autres ?

Pour le moment, BOIN éffectue un calcul pour Rosetta@home, qui sera fini dans la soirée, j'apparaitrais peut être à la fin du calcul pour l'envoi des résultats ?

Sinon il y à un moyen pour vérifier que l'on est bien dans la team ?
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Messagede Lorhkan » 01 Jan 2008, 17:28

Artefact a écrit:Je comprend pas trops, sur le site de l' AF je ne me vois pas dans les nouveaux membres contrairement aux autres ?

Pour le moment, BOIN éffectue un calcul pour Rosetta@home, qui sera fini dans la soirée, j'apparaitrais peut être à la fin du calcul pour l'envoi des résultats ?

Sinon il y à un moyen pour vérifier que l'on est bien dans la team ?

Il faut un peu de patience avant d'apparaître dans les membres de l'équipe, ça va venir (si tu es bien inscrit dans l'Alliance Francophone). ;)

Pour savoir si tu es bien dans la team, il suffit que tu ailles voir ton compte dans le ou les projet(s) auxquel(s) tu es rattaché. Ton dois normalement voir que tu appartiens à l'Alliance Francophone.
Ensuite, si ton pseudo commence bien par [AF>Xbox-Mag], tu appartient automatiquement à la mini-team XM. ;)
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Messagede Tobino » 01 Jan 2008, 17:33

Ca y est, on commence a voir les inscrits XM : http://www.myboinc.com/scores/mt_t_XBOX-MAG.php

:D
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